국회조찬기도회로 모이면서 미국처럼 대통령 조찬기도회로 모이자는 제안이 있었고, 김종필 의장을 통해 박정희 대통령의 뜻을 타진한 결과 기쁘게 참석하겠다는 응답을 받았다. 이에 따라 한국CCC가 그 준비 일체를 담당하게 되었고, 외국인 관계의 코디네이터는 나일스 베커 선교사 부부가 맡아 수고하였다. 결국 1966년 3월 8일 7시 30분, 구 조선호텔 볼룸에서 한국 국가조찬기도회가 개최되었다.

이 국가조찬기도회는 미국보다 9년 늦게 시작되었지만 아시아에서는 처음으로 열렸다. 미국의 기독교 지도자들(로빈슨 총무, 하버슨 박사 등 미국 ICL에서 5명이 참석)과 브라운 주한 대사 등 각국 외교 사절, 삼부 요인, 이효상 국회의장, 정일권 국무총리, 노기남 천주교 대주교 등 총 267명이 참석하였다.

그러나 안타깝게도 박 대통령은 기도회 5분 전에 긴급한 사정으로 참석하지 못한다는 통보가 있었고, 제1회 때는 참석하지 못했다. 하지만 2회 때부터는 계속 참석하였다. 한국 ICL 회장 박현숙 의원의 개회사로 시작된 제1회 국가조찬기도회에서는 김영삼 당시 원내총무가 시편 23편을, 김종필 의장이 고린도전서 13장을 봉독하였으며, 김활란 박사, 강신명 목사, 유호준 목사, 최태섭 장로와 천주교 노기남 대주교 등이 참석하여 순서를 담당하였다.

이 기도회는 한국의 기독교 공동체와 정치 지도자들 간의 교류와 협력을 증진하는 중요한 계기가 되었다.