전군신자화운동은 1969년, 기독교를 빙자한 모 종교단체가 주관하는 승공 교육이 군대에서 확산되던 시기에 시작되었다. 한국 교회는 이에 대한 우려가 많았고, 박정희 대통령은 군대 내 좌익 침투에 대한 걱정으로 김준곤 목사에게 군인들의 사상 무장과 정신 무장에 대한 자문을 구하였다.

김준곤 목사는 신앙전력화가 군대 내 반공 운동과 정신력 무장에 도움이 될 것이라며 전군신자화운동을 제안하였다. 이 운동은 강한 정신력을 갖춘 군대를 만드는 동시에 복음을 전할 기회가 되었다. 박정희 대통령의 동의로 시작된 전군신자화운동에서 김준곤 목사는 고급 간부 2,472명에게 기독교와 공산주의, 유신론과 무신론에 대한 강연을 진행하였다.

1973년 5월 1일 국가조찬기도회에서 김준곤 목사는 “전군신자화운동이 종교계에서는 이미 세계적으로 자랑이 되고 있으며, 만일 전 민족 신자화 운동으로 확대된다면 세계 정신사적 새 물결을 만들고 신명기 28장에 약속된 성서적 축복을 받을 것”이라고 말했다.